Esta es una riqueza y potencial que otras ramas de la ciencia desde hace ya varias décadas han sido y siguen siendo capaces de aprovechar.
Sin embargo en la agricultura aún se sigue ignorado y desaprovechando el enorme potencial que pueden generar los microorganismos del suelo para mejorar la fertilidad de los suelos, la nutrición de las plantas y las condiciones fitosanitarias de los cultivos. Cada vez está más claro que el crecimiento de las plantas está muy influenciado por los microorganismos del suelo, y en especial por los que viven alrededor de las raíces, la conocida rizosfera. Estos beneficios no tienen que ser de uso exclusivo de la agricultura ecológica, pues proteger y potenciar las propiedades biológicas del suelo trae beneficios para todos las estrategias de agricultura, sin lugar a duda.
Aunque pueda parecer complicado, lograr mejoras en este sentido no es difícil ni costoso. Aportes periódicos de materia orgánica compostada, implantación y manejo de las cubiertas vegetales (gramíneas, leguminosas, plantas con flores, etc), reducción de las zonas en las cuales se aplican los herbicidas o se aplica el mínimo indispensable, y el ajuste tanto de las dosis como de las fechas de aplicación de los fertilizantes son algunos de los ejemplos a seguir para conseguir mejoras en este sentido.
Además en sistemas de fertirrigación se puede aplicar junto con el agua de riego ácidos orgánicos, obtenidos a partir de la fermentación de los residuos/ subproductos de cosecha, carbohidratos (azúcares), residuos de la industria del vino o la cerveza o bien proteínas hidrolizadas. Estos productos por lo general favorecen y mejoran la microflora y fauna del suelo, así como los procesos biológicos y bioquímicos asociados.
Existe la posibilidad de que, al igual que el nuevo antibiótico descubierto, existan biocatalizadores o compuestos bioactivos producidos por los microorganismos del suelo que puedan estimular el crecimiento de las plantas y hacerlas más productivas; o en otros casos hacerlas más resistentes a diferentes condiciones de estrés (ya sean de origen biótico o abiótico). Existiría así la posibilidad de mejorar la eficiencia de los fertilizantes, y por qué no, acortar rutas metabólicas de los nutrientes. El potencial que abre este campo es enorme y debe ser aprovechado por y para la agricultura.