土壤是地球上最复杂的自然系统之一，并有着大量微生物（细菌，真菌，病毒，原虫等）。这是个几十年来其他科学分支已经利用，并会继续充分利用的潜在财富。

事实上，许多目前使用的抗生素是从二十世纪上半叶从土壤中所获得（例如：青霉素，链霉素）。近日，科学杂志Nature的最后一版（（2015年1月7日）报导称，数十年来我们一直无法找到不产生抗性的新型抗生素，如今我们终于发现了一个新的菌种。该细菌在土壤中生存，并只能在土壤中繁殖与分离。 然而，这巨大的潜力在农业上仍既被忽视又不被充分利用，我们能够生产在土壤中的微生物以提高增加土壤肥力、植物的营养、及作物检疫条件。人们越来越知道植物的生长强烈受到土壤中微生物的影响，特别是生长在根部附近的微生物，也就是我们所说的根际土壤。这些益处并不是只特用于有机农业，因为保护土壤及增强生物特性将会为所有的农业发展战略带来益处，这是毋庸置疑的。 虽然这可能看起来很复杂，在这里我们说的改进既不困难也不昂贵。定期施与有机堆肥、实施管理覆盖作物（草，豆类，开花植物等）、减少施用除草剂或以施用作低限度的区域、以及调整剂量以及肥料施用的日期，这些都是我们可以学习在这方面改进的例子。 此外，在肥料灌溉系统中，我们可以将从发酵残余物、收成的副产物、碳水化合物（糖）、红酒白酒或啤酒的工业残余物、或蛋白质的残留物中获得的有机酸加入灌溉水中。这些产品通常可以促进和改善土壤微生物区系和动物，以及相关的生物和生化过程。 如同新发现的抗生素，生物催化剂或由土壤中微生物产生的生物活性化合物也有被发现的可能性。它们能刺激植物生长并生长得更有效率；或在其他情况下，使它们在各种应激条件下（无论是生物的或非生物）更耐。因此，将有提高施肥效率及缩短营养素的代谢途径的可能。这些都是巨大的潜力，并应该充分发挥在农业之上。